Die Arbeitsteilung von Bund und Ländern
Das forstliche Umweltmonitoring, und somit auch die BZE, wird in Deutschland von Bund und Ländern gemeinsam ausgeführt.
Dabei werden die Daten von den Bundesländern erhoben. Die Auswertung der BZE II erfolgte in Kooperation zwischen dem Thünen-Institut, welches die Daten zur bundesweiten Auswertung zusammenstellt, Vertretern der forstlichen Versuchsanstalten der Länder, Umweltbehörden und externen Experten.
Spezialauswertungen zu Schwermetallen und organischen Schadstoffen erfolgen durch die Bundesanstalt für Geologie und Rohstoffe bzw. das Umweltbundesamt (Wellbrock et. al.).
Diese Interdisziplinarität zeichnet die Besonderheit der BZE aus.
Die forstlichen Forschungseinrichtungen der Bundesländer installieren das Messnetz, führen die Datenaufnahmen durch und erstellen Länderdatensätze sowie Auswertungen und Berichte. Die Erhebung und länderseitigen Auswertungen werden grundsätzlich von den Ländern finanziert. Auf Bundesseite ist die forstliche Ressortforschung des BMEL (bis 2008 Bundesforschungsanstalt für Forst- und Holzwirtschaft (BFH), seitdem das Thünen-Institut) mit der Koordination der Inventuren, Aufbereitung, Auswertung und Berichterstattung eines übergreifenden Datensatzes betraut.
Die Berichtspflichten gegenüber der UNECE oder EU werden sowohl von den Ländern als auch vom Bund wahrgenommen.