Eine Besonderheit der BZE II war ihr interdisziplinärer Ansatz.

Neben der Zusammenarbeit mit den Ländern wurden an einer Unterstichprobe der BZE vom Umweltbundesamt Untersuchungen zu Organika in Waldböden sowie der Bundesanstalt für Geologie und Rohstoffe zu Hintergrundgehalten von Schwermetallen durchgeführt.

Die Auswertung fand in Kooperation mit 35 Wissenschaftler des Thünen-Institutes, der Länderanstalten, Universitäten und anderen Institutionen statt.